Разница в том, что мододелы продвигают игры, которые они модифицируют, не получая за это денег (максимум донаты).
Особенно это касается старых игр, на которые создатели давно забили, а сторонние разработчики возрождают их таким образом.
По этой же причине некоторые компании стараются брать к себе в штат подобных людей, либо по крайней мере не трогать их моды, а другие блокируют/удаляют, и имеют на это полное право.
Но раз компании имеют право удалять моды, то и люди могут справедливо возмущаться их решениям, массово бойкотировать их продукты и так далее.